No es tan simple como Time Machine puede o no almacenar los archivos en una estructura de carpetas plana. Las copias de seguridad de la red se almacenan como una imagen de disco dispersa y, además, rsync no respeta todas las ACL y los permisos que son posibles o trata con permisos especiales en la carpeta de usuario, subcarpetas de usuario, aplicaciones y otros casos especiales.
Si puede restringir qué archivos se están copiando y confirmar que el directorio de su máquina no está almacenado en una imagen de disco, rsync podría ser aceptable en circunstancias limitadas para copiar archivos de usuarios que carecen de permisos especiales.
En su instancia específica, los archivos están realmente vinculados, lo que no hará ninguna diferencia a rsync. Cuando apunta rsync a una instancia específica a tiempo en su copia de seguridad, realmente no importa cuántos otros enlaces duros o blandos apunten a los archivos que está restaurando. El sistema de almacenamiento leerá los datos de la unidad externa como si los archivos fueran la única copia en la unidad USB. Esa es la magia de los enlaces duros: dos entradas de directorio apuntan al mismo archivo, de modo que al leer el archivo no se puede decir que es un enlace o un archivo. Solo si consulta el recuento de enlaces, un programa puede indicar y a rsync no le importa el recuento de enlaces duros al leer.
Debería ser bueno para cualquier restauración de archivos como documentos o imágenes.