Como desea utilizar la línea de comandos, recomendaría ffmpeg .

En términos generales, es la herramienta más capaz que encontrará para convertir / codificar cualquier cosa que pueda imaginar. Es increíblemente rápido y utiliza la herramienta de codificación de línea de comandos de audio LAME (mi favorita), que se complementa casi perfectamente. Para ser honesto, tiene tantos usos que nunca podría explicarlos todos; Definitivamente es un ganador en mi libro, así que échale un vistazo.

Para los parámetros que todo depende de usted, su configuración y cuáles son sus expectativas. Sin saber qué codificador planea usar, o si tiene instalado, hay demasiadas variables involucradas específicamente para decirle qué argumentos deben usarse. Si necesita ayuda con esa parte una vez que la compila / instala, entonces estoy seguro de que alguien aquí puede ayudarlo.

ffmpegX

Nunca lo usé antes, pero hice una investigación y encontré ffmpegX. Espero que ayude!