Podría haber bastantes explicaciones para sus retrasos, y podría comenzar revisando el Monitor de actividad y la Consola. En el Monitor de actividad, ¿hay aplicaciones o procesos que consuman un porcentaje excesivo de tiempo de CPU o RAM? En la consola, ¿hay algún error reportado? Estas son solo estrategias básicas de solución de problemas, y quizás ya las hayas agotado.
Es posible que no tenga suficiente RAM para ejecutar el programa de manera óptima. Tengo una máquina de 4GB y he tenido desaceleraciones similares con Aperture. La solución que funcionó para mí fue ejecutar el programa en modo de 32 bits. Puede hacerlo seleccionando el programa (en su caso, Omnigraffle) en el Finder, seleccionando Archivo > Obtenga información y luego marque la casilla marcada "Abrir en modo de 32 bits".
Tenga en cuenta que el modo de 32 bits (creo) limitará el programa a un máximo de 4GB de RAM. Eso no es un problema para usted ahora, pero puede limitar el rendimiento si agrega más RAM a su sistema en el futuro.