Por lo que puedo decir, este es un problema provocado por algo en Chrome.
Estoy teniendo problemas con el mismo problema, pero al mismo tiempo tengo varias pantallas adjuntas (se comporta de la misma manera que los espacios en la mayoría de los casos) donde si tengo Chrome en la pantalla uno y dos.
Si ahora utilizo cmd + tab para una aplicación que solo está en la pantalla 2, cambiará el enfoque a esa pantalla, pero cuando vuelva a colocar la pestaña Cmd + en Chrome, volverá a enfocarse en la pantalla 1, a pesar de tener una ventana de Chrome en la pantalla 2.
Si ahora cambio estas dos ventanas de Chrome alrededor de la prioridad de enfoque, no cambia, por lo que no tiene nada que ver con el orden de creación de las ventanas, sino solo con el escritorio en el que están.
Para mi configuración de 2 pantallas, siempre da prioridad a la misma, sin importar dónde se encuentre el Dock o cualquier otra cosa que se me ocurra probar. Por lo tanto, creo que tiene algo que ver con la diferenciación interna de macOS entre las pantallas.
Pero ahora para el kicker: si intento reproducir el mismo comportamiento ilógico con Safari, no ocurre. Safari se comporta exactamente como uno esperaría con respecto al orden de enfoque.
Por lo tanto, creo que es un problema creado por alguna interacción de Chrome y macOS debido al bloqueo arbitrario de una pantalla.
Por lo tanto, creo que la solución más fácil para su problema es mover la (s) ventana (s) del terminal al escritorio donde se enfoca Chrome. Tal vez reordenar los escritorios podría cambiar algo sobre el comportamiento, pero no lo comprobé.