FFMPEG y un simple script de bash hará el trabajo. FFMPEG es el mismo conjunto de bibliotecas que se incluyen con productos como Handbrake.
La sintaxis básica es muy simple:
ffmpeg -i inputfile outputfile
Si quisiera convertir un FLAC a MP4, simplemente ingresaría
ffmpeg -i inputfile.FLAC to outputfile.MP4
Para convertir una cantidad de archivos, se convertirá un script bash simple como el que se muestra a continuación
for file in /foo/bar/*.mp3
do
fullfilename=$(basename "${file}")
filename="${fullfilename%.*}"
ffmpeg -i "$file" "/foo/bar/converted/$filename.mp4"
done
Este script básico se analiza a través de un directorio, toma el nombre del archivo original, luego elimina la extensión para que se pueda agregar una nueva extensión durante la salida.