Software desinstalado de brew aún en $ PATH

A Homebrew le gusta crear enlaces simbólicos desde /usr/local/bin/ a /usr/local/Cellar/ .

Puede ver si este es el caso ejecutando: ls -l /usr/local/bin/bowtie2 .

Eso debería devolver una línea con una sintaxis de flecha ( -> ) como esta:

/usr/local/bin/bowtie2 -> ../Cellar/bowtie2/<someversion>/bin/bowtie2

Si ese es el caso, entonces puedes eliminar el enlace simbólico roto con: rm /usr/local/bin/bowtie2 (es posible que tengas que comenzar con sudo dependiendo de la propiedad de /usr/local/bin/ . Es el enlace simbólico roto el que causa which para seguir mostrando que bowtie2 se encuentra en /usr/local/bin/ .

Luego puede mover el nuevo binario para bowtie (que descargó de SourceForge) a /usr/local/bin/ o cualquier otra carpeta en su PATH.

intenta:

ls -la /usr/local/bin/ | grep bowtie2

así como

find /usr/local | grep bowtie2

esto te dará toda la información

el binario generalmente se coloca aquí ( * es solo para reemplazar el número de versión):

/usr/local/Cellar/PROGRAMNAME/*/bin/

que en tu caso:

/usr/local/Cellar/bowtie2/*/bin/

homebrew desvincula tus enlaces simbólicos a través de "brew unlink bowtie2"

$ brew help unlink
brew unlink [--dry-run] formula:
    Remove symlinks for formula from the Homebrew prefix. This can be useful
    for temporarily disabling a formula:
    brew unlink formula && commands && brew link formula

    If --dry-run or -n is passed, Homebrew will list all files which would
    be unlinked, but will not actually unlink or delete any files.

$ brew unlink bowtie2