Lo que he encontrado es que necesitas al menos el tamaño de la instantánea en el espacio libre.
Entonces, si tienes una vdi de 20 GB y una instantánea de 5 GB que al final hará una vdi de 25 GB, necesitas al menos 5 GB.
Lo que sugiero que hagas es mover las instantáneas a un volumen diferente (como una unidad USB), crear enlaces simbólicos con ellos y luego combinarlos.
Por ejemplo ...
Mueva el archivo de instantáneas a un volumen montado:
mv /VBM-Folder/Snapshots/{abcd12a3-de1a-9876-ab89-abcd1abvc5abc12a1}.vdi /Volumes/Some/Mounted/Folder
Luego cree los enlaces simbólicos de nuevo a la carpeta original:
ln -s /Volumes/Some/Mounted/Folder/{abcd12a3-de1a-9876-ab89-abcd1abvc5abc12a1}.vdi /VBM-Folder/Snapshots
Esto, desde el principio, debería liberar un montón de espacio. Una vez que haga esto, puede "fusionar" las instantáneas (en VBox, debe eliminarlas, no es intuitivo)