Me he preguntado acerca de la automatización de HandBrake mediante la interfaz de línea de comandos (CLI) y Automator. Aquí hay un tutorial que cubre muchos detalles sobre el uso de la CLI, aunque creo que solo procesa un archivo a la vez, en lugar de crear una cola:
enlace
Mientras buscaba una solución para responder a esta pregunta, encontré un hilo sobre el uso de Hazel (en lugar de Automator, no es gratis):
enlace
Por la cantidad de trabajo que realizo al convertir videos, estoy considerando probar esto ya que puede ayudar con otras tareas como copiar a iTunes y mi NAS.
Para referencia, aquí hay un enlace a la Guía CLI de HandBrake:
enlace