Ciertas notas mías también desaparecieron. Por lo tanto, restauré una copia de seguridad de iCloud desde hace 4 días, cuando aún tenía todas mis notas y aún faltan. Creo que lo que lo está causando es la nueva pequeña pantalla de introducción que ves la primera vez que haces clic en las notas. Después de hacer clic en Aceptar o avanzar o lo que sea, vaya a la pantalla "Gmail" o "nube", donde elige las notas que desea ver. Gmail tiene mis notas, y lamentablemente muchas o faltan.
Lo que es extraño es que de alguna manera al acceder a las notas hace una semana (antes de instalar IOS10), me pasaron a la pantalla "Gmail o nube". Escogí Gmail y encontré algunas notas que faltaban. Así que restauré desde una copia de seguridad y todas mis notas estaban allí de nuevo.
Ahora, después de actualizar, tengo exactamente el mismo problema, pero esta vez, restaurar desde iCloud no solucionó el problema. Ojalá me dejara ir directamente a las notas de mi teléfono sin que me haga elegir la fuente como antes. Mi instinto me dice que eso es lo que está causando el problema.