Actualicé recientemente el iPhone 6S a 10.1 y iTunes a 12.5.1. Usar principalmente iTunes para sincronizar mis contactos y calendario de Outlook solo a través del cable USB (no Wi-Fi). Parece iniciar la sincronización y se detiene en parte a través del proceso y suena como si la sincronización estuviera completa. No uses iCloud para sincronizar.
En caso de que no quiera usar iCloud, puede probar un software de terceros llamado AkrutoSync. Desafortunadamente, no hay forma de sincronizar mediante USB, solo a través de Wi-Fi o Internet. La mejor parte es que este software funciona con las aplicaciones nativas del iPhone, lo que me pareció muy conveniente. Aquí hay un enlace a su sitio web: enlace
Lo malo es que tienes que reconfigurar este software cada vez que quieras cambiar entre la sincronización a través de Internet para la sincronización a través de Wi-Fi.
Lea otras preguntas en las etiquetas itunes