Para todas las pistas, seleccionando "Parte de una compilación" - "Sí" resolví esta para mí (aunque no era parte de una compilación, era la única forma en que podía lograr que cooperara).
Esto funciona, debido a la forma en que iTunes organiza las compilaciones. El problema probable es que algunos de los archivos tienen incorrectamente una etiqueta de compilación en los metadatos e iTunes está buscando la misma etiqueta en el resto de los archivos y, al no encontrarla, está colocando los archivos en álbumes separados. Use un editor de metadatos para abrir los archivos y borrar la etiqueta de los archivos ofensivos y volver a agregarlos a su biblioteca de iTunes, y todos deberían estar agrupados en un álbum.
Probé esto agregando una etiqueta de compilación a dos archivos de un álbum e importándolos a iTunes y, de hecho, dividí los archivos en dos álbumes separados. Eliminar la etiqueta solucionó el problema e iTunes se importó correctamente.