Suena como si quitar / desinstalar esa aplicación dañara algo en el Finder. Que es una parte integral del sistema operativo (tenga paciencia conmigo aquí ...) Generalmente, cuando tiene problemas con el sistema operativo, le recomiendo que instale la última actualización a través de un actualizador combinado descargado directamente desde support.apple.com.
Los actualizadores combinados tienen todos los parches necesarios para todas las versiones del sistema operativo, incluidas las variaciones de hardware. Cuando lo descarga de la App Store, obtiene solo el código necesario para su Mac en particular. Por lo tanto, los actualizadores combinados son más completos
El Capitán no parece tener un Actualizador de Combo ya que esto es todo lo que pude encontrar. Si tiene Yosemite este sería su Combo Updater. Si miras ambas páginas, una se llama un actualizador combinado y la otra no.
Especular sobre lo que Apple está haciendo (o va a hacer) es infructuoso y (a veces) divertido. Entonces, por qué sucede esto, quién sabe.
Ya que no hay un Combo Updater para El Cap (asumiendo que es lo que tienes), descargaría ese actualizador y lo aplicaría a tu sistema. Si tienes Yosemite, el segundo enlace. Si tiene una versión anterior, simplemente busque en Google la versión que dice junto con "combo updater" y el primer enlace suele ser la página de descarga de Apple.
Si no es así, a veces solo es necesario volver a instalar el sistema operativo y luego aplicar las actualizaciones. Hacer eso raramente borrará sus datos, pero haga una copia de seguridad primero, solo para estar seguro.