¿Habilitó la opción 'Encontrar mi iPad' en su dispositivo perdido? Si es así, puede ir a iCloud.com y eliminar remotamente todos los datos en el iPad sin perder sus notas en iCloud.
Si no, ¿usaste un código de acceso? Todos los datos en el iPad están encriptados y es muy poco probable que alguien malvada encuentre su dispositivo (bloqueado) e intente piratear sus notas.
Otra solución alternativa requiere que uses la aplicación Notes en una computadora con OS X. Configure su dispositivo iCloud y otra cuenta de correo electrónico que admita notas (la mayoría de las cuentas IMAP sí lo hacen). Luego, abra la aplicación Notas y mueva todas sus notas a la nueva cuenta. Esto eventualmente se sincronizará con su dispositivo perdido, pero tendrá que acceder a sus notas en la nueva cuenta.
No creo que haya una respuesta perfecta a tu problema, todo lo que queda por hacer es controlar los daños.