En mi experiencia, nunca hay una "opción" para crear una partición de recuperación. He realizado una serie de instalaciones limpias desde los dispositivos USB de DiskMaker y cada uno de ellos resultó automáticamente en la creación de particiones de recuperación durante el proceso de instalación. Para mí, el proceso de actualización típico es borrar la unidad existente o instalar una nueva, usar un USB creado por DiskMaker X para instalar la versión de OS X deseada y luego importar las aplicaciones, datos y perfiles de usuario requeridos desde Time Machine.
Esto ha funcionado perfectamente con Lion, Mountain Lion y Mavericks en una variedad de sistemas.
Internet Recovery siempre instala la versión de OS X que se envió originalmente con el producto. Recuperación local reinstalará la versión de OS X que se utilizó para crear la partición de recuperación. Un escenario típico sería tomar un disco virgen instalado en un sistema, iniciar desde un instalador USB de Mavericks, usar la Utilidad de Disco para crear la partición de instalación y luego iniciar el proceso de instalación. El instalador de OS X cambiará el tamaño de la partición que creó automáticamente y creará la partición de recuperación. En este caso, una reinstalación de Local Recovery incluiría Mavericks.
Entiendo que está viendo algo diferente, pero aún no he visto una instalación con Lion o una versión nueva que faltaba en su Partición de recuperación cuando se realizó la instalación en un disco duro nuevo o borrado. Un sistema con una serie de actualizaciones in situ perderá la partición de recuperación, por ejemplo, Snow Leopard to Lion to Mountain Lion, pero ese no es el escenario que estás discutiendo.