Al ver el gráfico de carga de la CPU (@ 200%), parece que su máquina puede manejar 4 subprocesos. Cada hilo puede manejar el 100% de la carga de la CPU. 4 núcleos (virtuales) pueden manejar 4 subprocesos, y 4 subprocesos pueden manejar un total de 400% de carga de CPU. Así que 200% solo significa que 2 núcleos están funcionando al 100%.
Por qué están atascados al 100% no puedo decir. Podría ser algo en su código. Podría ser algo en el código de MATLAB. ¿Hay algún tipo de herramienta de depuración dentro de MATLAB? También puedes probar los foros de MATLAB.
Si su código se comporta de manera diferente en el mismo hardware que utiliza la misma versión de MATLAB, avísenos, podemos intentar solucionarlo desde allí.