Sí, LaunchAgents solo se invoca cuando el usuario inicia sesión en una sesión gráfica.
LaunchDaemons se inician normalmente cuando el sistema se inicia y se ejecutan fuera de una sesión de usuario específica.
La página de manual de launchd enumera estas carpetas con descripciones cortas:
Archivos
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~/Library/LaunchAgents Agentes por usuario proporcionados por el usuario.
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/Library/LaunchAgents Agentes por usuario proporcionados por el administrador.
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/Library/LaunchDaemons demonios en todo el sistema proporcionados por el administrador.
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/System/Library/LaunchAgents Agentes por usuario proporcionados por Mac OS X.
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/System/Library/LaunchDaemons demonios para todo el sistema proporcionados por Mac OS X.