La mejor manera de hacer esto es conectar el iPad a iTunes y hacer una 'sincronización' de todo, incluidas sus aplicaciones. Esto guarda las aplicaciones del iPad en su computadora local.
Después de hacer la sincronización, debes hacer una copia de seguridad. Esto guardará su configuración.
La razón por la que es importante realizar la sincronización es porque existe la posibilidad de que algunas aplicaciones que tenía en el iPad ya no estén disponibles en la App Store. Imagina, por ejemplo, que tenías Flappy Bird instalado allí :)
Después de realizar la restauración, debes volver a sincronizar el iPad con iTunes; esto pondrá todo el contenido que estaba en el iPad antes de restaurarlo, de nuevo en el iPad.
Si no lo hace, el iPad solo podrá obtener las aplicaciones que todavía están disponibles en la App Store ahora, y las aplicaciones que ya no estén disponibles, ya no estarán en el iPad.
EDITAR: las aplicaciones que regresan como "no compatibles", pueden ser aplicaciones que solían ser compatibles cuando se crearon hace años, pero no han sido compatibles con el iPad original desde hace algunos años, y ya no existen una versión compatible en la tienda.