En resumen, la aplicación iBooks y su comportamiento fueron una gran sorpresa para todos. Antes de que lo abriera, los Mavericks parecían geniales.
La aplicación iBooks parece estar posicionada para tratar solo con libros comprados (DRM). Esto incluye sus ePubs y archivos PDF. No fue anunciado, pero parece ser el caso. Además, la aplicación iBooks en el escritorio no pretende ser el medio para sincronizar sus iDevices. Cuando sincronice su dispositivo, las selecciones de "Libros" de iTunes provendrán de la nueva aplicación iBooks.
Todos los ePubs y archivos PDF no utilizados que utilizaste para almacenar y sincronizar en iTunes, bueno, ahora tienes que usar otra cosa, como Calibre. Se desconoce si este sigue siendo el caso o no. Es posible que la nueva aplicación iBooks sea un intento de distanciar a Apple de los libros no comprados.
Pasé un día poniendo todos mis libros no comprados en Caliber y funciona bien. La sincronización no es perfecta, especialmente si solías hacerlo a través de WiFi. Por el momento esa capacidad no está disponible. Calibre tiene múltiples métodos para copiar en dispositivos, y definitivamente necesitarás investigar un poco en la documentación.
Por el momento, tiene dos métodos distintos para sincronizar libros: iBooks e iTunes para comprar, y Caliber (o lo que sea) para no comprar.
Cuando inicie iBooks por primera vez, sus libros de iTunes se transferirán a una carpeta que está oculta a la vista. La mayoría de los metadatos de ePub estarán en el archivo ePub, pero no así para los PDF. Si tuvo suerte, copió sus archivos de iTunes antes de usar iBooks. No tuve tanta suerte.
Por cierto, todos los archivos PDF que sean folletos de música (o en mi caso, partituras) pueden permanecer con el álbum en iTunes. Sin embargo, son de tipo multimedia "Música".