La mejor manera sería configurar toda tu biblioteca de iTunes en tu disco duro externo.
Para hacer esto, vaya a:
editar > preferencias > avanzado
Existe la posibilidad de que la "Ubicación de la carpeta multimedia de iTunes" se encuentre en su disco duro externo.
Tenga en cuenta que esto copiará todos sus iTunes Media (aplicaciones, músicas, series, películas, etc.) al disco externo. No creo que haya una manera de configurar solo las aplicaciones en la nueva carpeta de iTunes Media (pero alguien me corrige si me equivoco).
Otra forma de evitar esto es simplemente cortar y pegar todas las aplicaciones de la carpeta Aplicaciones en su carpeta actual de iTunes Media en su disco duro externo, pero esto tiene algunas implicaciones: vaya a la sección del panel de preferencias Avanzadas nuevamente ( instrucciones anteriores) y desmarque la casilla que dice "copiar archivos a iTunes en la carpeta de medios de iTunes cuando agregue a la biblioteca". De esta manera, puede guardar todo en cualquier lugar, para que pueda mantener sus aplicaciones en el disco duro externo. Pero esto implica que nada de lo que agregues a iTunes se copiará a la carpeta iTunes Media, por lo que si eres un fanático de tener organizada la carpeta iTunes Media (I am), esta no es la opción para ti. Pero si no te importa, incluso puedes tener tus canciones en un disco duro, tus aplicaciones en otro y vincularlas a iTunes desactivando esa casilla de verificación.