Además de la respuesta de iGameRam, puede transferir archivos mediante un dropbox o iCloud u otras soluciones en la nube. Depende de los tipos de archivos y aplicaciones con los que desee utilizarlos.
Si su pregunta es como "¿Puedo transferir archivos desde la PC al iPad 3 sin ningún software", entonces es un NO AFAIK? Si solo se trata de evitar iTunes, puede utilizar