Probablemente no haya una forma de "configurar esta opción" para hacerlo, pero he notado que a.) el recuento no leído es el número de mensajes no leídos en su bandeja de entrada, no en las subcarpetas y b.) iOS no comprueba automáticamente subcarpetas para mensajes nuevos, a menos que esas subcarpetas estén configuradas para enviar a través de Exchange. Por lo tanto, si su cuenta de trabajo es una cuenta de Exchange:
-Hacer una subcarpeta en su bandeja de entrada
-Crear una regla del lado del servidor para mover todos los mensajes a esa carpeta. Esto se puede hacer en Outlook en su computadora de trabajo (asumiendo que es una PC) o probablemente en el cliente web de Exchange (que posiblemente requiera IE, ya que deshabilitan cierta funcionalidad en el cliente web para otros navegadores ...).
Entonces, todavía tienes acceso a los mensajes en la cuenta de trabajo (+1 toque, pero es un iPhone 4, así que es ágil), y no aparecerán en tu cuenta no leída.