Las instrucciones a las que se ha vinculado parecen modificar la primera partición en la unidad flash. Esto cambia la partición de un tipo EFI a un tipo HFS +. Esta modificación no debería haberse modificado cuando se instaló Windows. La única explicación plausible que puedo deducir es que realizó la modificación a la primera partición de la unidad interna.
Debería poder realizar reparaciones ejecutando los pasos que comienzan al principio de la sección titulada "El arranque manual"
Sólo como una nota personal. El autor del sitio vinculado ha publicado una solución innecesariamente compleja a un problema que ya no existe con la introducción de Ubuntu 18.