No puedo estar seguro de que esté relacionado, pero después de activar File Encryption Spotlight, simplemente dejé de trabajar en carpetas de archivos y aplicaciones. Probé todos los consejos que vi en esta publicación en este foro y más, incluida la reinstalación del sistema operativo y el restablecimiento del parámetro RAM y la eliminación de la carpeta .Spotlight-V100.
Encontré la respuesta hoy y tardé tanto que pensé que valía la pena publicar la pregunta y la respuesta aquí.