He estado teniendo un problema en mi instalación de El Capitan durante unos meses. En momentos impredecibles, el sistema "desaprueba" los programas asociados con ciertos tipos de archivos.
Por ejemplo, hago doble clic en un PDF en el Finder, y trata de abrirlo con Microsoft Word (que por supuesto se queja de que no puede abrirlo). Para solucionarlo, tengo que [clic con el botón derecho - > "Abrir con" - > "Otro ..."] en un archivo PDF, vaya a buscar Vista previa (que, por cierto, ni siquiera está en las "Aplicaciones recomendadas") y seleccione "Abrir siempre con", y luego el problema desaparece por algún tiempo.
Por un tiempo pensé que este problema se limitaba a los archivos PDF, y de alguna manera era un error causado por Microsoft Office.
Sin embargo, ahora mismo tuve el mismo problema, ¡pero el sistema tomó el valor predeterminado de iTerm para abrir hipervínculos ! Entonces, cuando hice clic en un enlace dentro de un correo electrónico, se abrió un iTerm vacío ... Para solucionarlo, tuve que crear un acceso directo a una página web, luego [clic derecho - > "Abrir con" - > "Otro ..."] y selecciona Firefox.
¡Me alegraría cualquier ayuda para restaurar la cordura, o al menos comprender lo que está pasando!