Uso el último OS X El Captain en MacBook Pro Retina, y tuve este problema desde Yosemite.
Cuando intento seleccionar un archivo para cargar en el navegador (el mismo problema en Safari y Chrome, pero no en otras aplicaciones como Photoshop), OCULTA todas las carpetas cuando hago clic en cualquier etiqueta de color en el panel lateral. Las carpetas desaparecen justo después de la mitad de un segundo. Por lo tanto, puedo seleccionar un archivo etiquetado pero no puedo ir a la carpeta etiquetada y seleccionar un archivo allí.
He intentado eliminar com.apple.finder.plist, también he intentado crear un nuevo usuario, pero el problema sigue siendo :(