Utilicé varios alias en mi cuenta de gmail que estaban configurados en mail.app. Después de actualizar a El Capitán, esos alias simplemente desaparecieron.
Hay una opción en Preferencias > Cuentas > Información de la cuenta > Alias "Editar alias". Pero Mail.app se congeló cuando seleccioné esa opción
Vaya a las preferencias de icloud en Configuración - luego salga completamente de icloud. Se eliminaron todos los archivos de icloud, ya que se le pedirá que lo haga, y luego volvió a iniciar sesión. Mi alais en la aplicación de correo se restauró correctamente cuando hice esto.
En Correo, vaya a Preferencias y luego seleccione Cuentas . Verás Alias y podrás "Editar alias".