Inicio muy lento (10.6 / 10.9)

Mi estación de trabajo dev (MBP 2012, 2.5GHz i5, 16Gb, 500Gb HDD) es increíblemente lenta de arranque hasta el punto en que estoy aterrorizada de reiniciarlo. De vez en cuando se bloquea o se niega a activarse (tal vez una vez cada 2-3 semanas), y se requiere el reinicio. Cuando el sistema operativo u otras actualizaciones de la tienda de aplicaciones están involucradas, también son necesarios los reinicios.

Aproximadamente el tiempo de arranque consta de 3 fases visibles:

1. 10 a 15 minutos después del encendido / inicio de sesión inicial, en el fondo gris con girador / vibrador
2. 1-2 minutos para que aparezca el fondo del escritorio y aparezcan los íconos y las ventanas de aplicaciones. Las ventanas generalmente están en blanco y no se pueden usar, aunque puedo arrastrarlas.
3. 10 minutos para que las aplicaciones realmente se vuelvan receptivas y para que el sistema operativo sea utilizable.

Tuve el problema en la instalación anterior de 10.6, y ahora lo tengo en 10.9, que he estado ejecutando durante aproximadamente un año.

Una vez que el sistema ha arrancado, generalmente es bastante utilizable, aunque obtengo ralentizaciones si ejecuto demasiadas máquinas virtuales y aplicaciones al mismo tiempo, pero esto no es algo que no esperaría dada la falta de sólidos estado.

Si bien espero poder actualizarme a un SSD en cualquier momento, me encantaría poder diagnosticar este problema y comprender lo que sucede. El hecho de que afecte a varias etapas del proceso de arranque me dice que probablemente no sea solo un elemento específico, y realmente se siente como un problema de fragmentación masiva. Sin embargo, como lo entiendo, ¿OSX no debería ser susceptible a la fragmentación? Alternativamente, supongo que podría ser un archivo de página masiva? Sin embargo, dado que estoy ejecutando 16Gb, me gustaría pensar que no estoy batallando mucho.

ACTUALIZAR :

Gracias al comentario de @ CML sobre la integridad del disco, ejecuté un disco de verificación y obtuve lo siguiente:

Checking extended attributes file.
Volume bitmap needs minor repair for orphaned blocks
Checking volume information.
Invalid volume free block count
(It should be 12269746 instead of 11497979)
(It should be 12269746 instead of 11497979)
(It should be 12269746 instead of 11497979)
The volume Macintosh HD was found corrupt and needs to be repaired.
Error: This disk needs to be repaired using the Recovery HD. Restart your computer, holding down the Command key and the R key until you see the Apple logo. When the OS X Utilities window appears, choose Disk Utility.

ACTUALIZACIÓN 2:

Corrió el disco de reparación, esto altera los tiempos de fase de arranque para:

1. 2-3 minutos ( abajo de 10-15 minutos )
2. 1-2 minutos (sin cambios)
3. 10 minutos (sin cambios)

Una mejora marcada, pero aún parece como si algo estuviera bastante desordenado en algún lugar.