La ventana activa cambia cuando se hace clic dentro de una ventana

Esto es lo que sucede:

1. Cambio a una aplicación (aplicación 1) para que esté activa / delante.
2. Cuando hago clic dentro de la aplicación 1, otra aplicación (aplicación 2) se enfoca. Es como hacer clic en la aplicación 1.
3. Para evitar que la aplicación 2 se enfoque cada vez que hago clic dentro de la aplicación 1, tengo que hacer clic en la "barra de título" / "área donde puedes arrastrar la ventana" de la aplicación 1.

Esto no sucede todo el tiempo, pero con demasiada frecuencia. Ejecutando OSX 10.8.4 en un 2008 MBP. ¿Alguien tiene una idea de cómo resolver esto?