Para el registro, estamos hablando de esto:

ElproblemaesqueOSXnorecuerdasisedesmarcalacasilladeverificaciónenelúltimocierre,siempresemantendrámarcadadeformapredeterminadaenloscierresposteriores.
Encontré dos soluciones diferentes para este problema , que parecen hacer el truco, aunque no son ideal.
Abre Terminal.app e ingresa los siguientes comandos:
defaults write com.apple.loginwindow TALLogoutSavesState -bool false
defaults write com.apple.loginwindow LoginwindowLaunchesRelaunchApps -bool false
Esto efectivamente deshabilita la opción "volver a abrir ventanas al volver a iniciar sesión", aunque la casilla de verificación aún aparecerá como marcada. Puedes ignorarlo.
Me temo que no hay una solución mejor, al menos no en este momento.
Actualización: OS X 10.7.4 solucionó esto; ahora recuerda su selección: