Me había olvidado de lo maravilloso que es Carbon Copy Cloner . No lo he usado en mucho tiempo (la última vez que lo usé fue gratis; ofrecen una versión de prueba completamente funcional durante 30 días).
Reintenté todos los intentos que enumeré en mi pregunta, incluida la transferencia de un solo perfil de usuario (datos, aplicaciones, etc.) utilizando el Asistente de migración sin cambios. Cada vez que terminé una migración, cloné, casi el 50% de mis aplicaciones se consideraban aplicaciones PowerPC y no se ejecutaban ... aunque en realidad eran aplicaciones Intel / Universal.
Creo que el problema subyacente era que la partición de recuperación en las dos máquinas difería. ¡Me sorprende que Clonezilla no lo borró (clonó las 3 particiones)! Carbon Copy Cloner, por otro lado, me informó de la diferencia y se ofreció a clonar sobre la diferencia. Esa diferencia fue solo el hecho de que la máquina de destino tenía un sistema operativo Lion en la partición de recuperación. Ambas máquinas fueron fotografiadas con Mountain Lion.
Eso es solo una conjetura, pero como nada más funcionó y CCC lo hizo, lo dejaré así a menos que alguien más pueda ofrecer algo de información. Espero que esto ayude a alguien en el futuro. Nunca he visto ni escuchado nada como esto.