Me preguntaba, ¿es seguro instalar Xcode 4.2 sobre Xcode 4.1? ¿Romperá cosas como homebrew u otra, que utiliza herramientas de línea de comandos proporcionadas por Xcode?
Respondiendo a la primera parte de tu pregunta.
Si instala diferentes versiones (o compilaciones) de Xcode en el mismo disco duro de arranque de Mac, le recomendamos que asigne un nombre diferente al Xcode "más nuevo". De lo contrario, su entorno de desarrollo se volverá inestable incluso si "sudo / Library / uninstall-devtools".
Un ejemplo de "inestable" es el objeto UIKit de arrastrar para conectar en el XIB al código de IBOutlet que no se "pegará".
Sugeriría que alguien mueva esta pregunta a stackoverflow.com.