Entonces, después de una investigación, esto es lo que he encontrado:
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Si agrega el archivo .bundle a cualquiera de las carpetas posibles, las Preferencias del sistema fallarán. PERO, si agrega el archivo .keylayout en su lugar, ¡funcionará!
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Si agrega un archivo .keylayout en Inicio / Biblioteca / Diseños de teclado - > puede agregarlo, aparecerá en la lista de diseños, pero no podrá elegir su nuevo diseño (también leí sobre este error en este sitio);
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Sin embargo, si agrega un archivo .keylayout en Macintosh HD / Library / Keyboard Layouts - > todo funciona correctamente.
Resumiendo, los diseños personalizados son BUGGY en macOS, pero puedes agregar uno. Sin embargo, la razón por la que quise agregar un diseño personalizado fue cambiar la bandera rusa a un ícono neutral (y es posible en Ukelele usando solo .bundle, porque con .keylayout verás el ícono del teclado predeterminado) , así que fallé aquí.