He notado este comportamiento en Lion's Terminal.app:
Digamos que tengo un texto seleccionado en una ventana de terminal no activa. Es decir, otra ventana está activa, podría ser otra ventana de terminal o la ventana de otra aplicación. Si hago clic en la ventana con el texto seleccionado sin hacer clic en la selección, el texto permanece seleccionado cuando se activa la ventana. Sin embargo, si el clic se encuentra en el texto seleccionado, el texto se deselecciona.
¿Hay alguna forma de evitar el comportamiento de deselección? Tengo que evitar conscientemente hacer clic en la selección, de lo contrario debo volver a seleccionar (muy molesto porque la selección de texto a menudo requiere un movimiento preciso del puntero). El comportamiento también es inconsistente sin ninguna razón aparente: ¿por qué tener un comportamiento especial si se hace clic en el texto?
ACTUALIZACIÓN
Esto solo parece ocurrir con el perfil Básico (aunque no los he probado todos). Si uso algo como Grass o Homebrew, la selección se conserva.