Puedes ejecutar "Reparar permisos" tantas veces como quieras. Todo lo que hace es acceder a una gran cantidad de archivos / carpetas y comparar sus permisos con una lista maestra conocida por el sistema operativo. En teoría, esto causa un poco más de desgaste en el disco duro (suponiendo que no haya SSD), pero en la práctica se aburrirá de volver a ejecutar los "Permisos de reparación" cada pocos minutos antes de que aparezcan efectos negativos (a menos que la unidad ya estuviera defectuosa ).
OTOH, si necesita ejecutar "Reparar permisos" cada pocas horas porque los permisos se cambian con tanta frecuencia, es posible que tenga un problema que valga la pena analizar.