Respuesta corta: no te preocupes por el tamaño del clúster. No notarás una diferencia.
Respuesta más profunda: la lógica dictaría que cuanto más grande sea el grupo, menor será el número de solicitudes de datos, ya que serían partes más grandes. Sin embargo, con una memoria USB 3.0 adecuada, honestamente no verá una diferencia por la que deba preocuparse. FWIW, el tamaño del clúster es tradicionalmente más una optimización de espacio que cualquier otra cosa; menos clústeres significa una tabla de uso de disco más pequeña, menos bits de sobrecarga, etc. Sin embargo, clústeres más grandes significa más espacio desperdiciado, ya que un archivo de 3 bytes de tamaño seguirá ocupando todo un clúster de 4K.
Ya que estás en una Mac (ESTÁS en apple.stackexchange.com), probablemente usarás FAT32 y no NTFS. No utilice FAT12 / 16. HFS + te limitará a una Mac. NTFS no es realmente compatible con OSX y es posible que se tropiece con las ACL de permisos. FAT32 será el más rápido ya que NTFS sigue molestando el disco, mientras que FAT no lo hace.