En la primera aproximación, sí, son iguales, pero el mecanismo de la actualización es diferente, ya que uno puede ser una actualización delta y autoaplicada y el otro instala una compilación completa en lugar de parchear el sistema operativo.
A medida que se profundiza, la actualización OTA implica que el sistema operativo y el dispositivo funcionan correctamente, por lo que iTunes es una buena opción si realmente desea asegurarse de que la actualización salga bien o si desea poner el dispositivo en modo de recuperación para garantizar el nuevo sistema operativo. El nuevo sistema operativo está escrito. Obviamente, si el dispositivo tiene problemas, puede optar por que iTunes controle la actualización en lugar de esperar que el dispositivo instale el parche correctamente.
Suponiendo que su dispositivo funciona bien, puede actualizar OTA de manera segura y, en muchos casos, la descarga es una actualización delta que es más pequeña que la imagen completa si está realizando una actualización que no es una versión principal (4.0 o 5.0). que inició las capacidades OTA y probablemente 6.0 cuando se envíe).
El uso de iTunes también le brinda la oportunidad de transferir compras y reducir la cantidad de aplicaciones que tendrá que volver a descargar después de una actualización importante. Nuevamente, no es un problema en actualizaciones incrementales como la actualización 5.1.1 desde 5.1.
En la práctica, esto incluso se ha señalado como un factor decisivo para el jailbreak que se lanzó por primera vez para iOS 7, donde las notas dicen que el exploit no funcionará contra un dispositivo OTA iOS 7, y solo contra un dispositivo limpio restaurado de dispositivo de iTunes. No sé si eso tiene que ver con la clave de firma o una diferencia real en las dos imágenes, pero muestra que los procesos son realmente diferentes en algunos aspectos.