Esto va a sonar tonto, pero ¿has reiniciado la Mac? He tenido este problema en mi Magic Trackpad un par de veces y la única forma en que pude curarlo fue con un simple reinicio. (Al principio pensé que podría ser porque también ejecuté MagicPrefs, pero desde entonces he eliminado eso y el problema todavía ocurre a veces).
Si encuentra un reinicio lo "arregla", como he hecho en el pasado, entonces es posible que el software se confunda en lugar de un problema físico. Todavía no he encontrado una invocación de Terminal para reiniciar la parte del controlador del mouse de la Mac, pero reconozco que si encuentro una, probablemente podría usarla para desempacar la almohadilla cuando surja el problema.