La mejor manera de experimentar el "cómo empezaría desde cero" sin comenzar de cero es crear un nuevo usuario vacío, eliminar todos los "elementos de inicio de sesión" y trabajar desde allí. Eso es lo más cerca que puedes llegar. Por supuesto, hay otros factores que puede haber instalado y puede estar ralentizando su sistema (extensiones antiguas, controladores, etc. que pueden estar registrando exceso, servicios defectuosos, etc.).
Si realiza una instalación limpia (y tiene una copia de seguridad en otra unidad), la migración "manual" no es tan mala . Tendrás que:
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Arrastra tus aplicaciones desde Old_Drive al New_Drive (una buena oportunidad para no arrastrar esas cosas viejas que ya no usas) :)
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Antes de iniciarlas, busque ~ / Library y migre las Preferencias y el Soporte de Aplicaciones para las aplicaciones que desea conservar (aunque a veces es un buen comienzo comenzar con la eliminación de las preferencias).
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Verifique también / Biblioteca / Preferencias de la aplicación y todas las bibliotecas en general.
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Copia sobre tus documentos, música, imágenes, películas, etc. (Otro buen momento para dejar atrás cosas viejas).
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Reconfigure también su nueva computadora, la red, su dock, la configuración del buscador que tenía, su fondo de pantalla, etc. Todas esas cosas.
En lo que respecta a su pregunta específica, en mi experiencia es "casi correcta". Actualicé 10.3- > 10.4- > 10.5 pero luego volvió a aparecer Snow Leopard, aunque iba a actualizar, mi disco se estrelló y decidí que era un buen momento para comenzar de nuevo. Tenía copias de seguridad pero no tenía ganas de migrar (porque la asistencia de Migración no te dejaría elegir aplicaciones individuales, es todo o nada) y tenía copias antiguas de Photoshop y cosas que no quería.
También las diferencias entre "Snow Leopard" eran "enormes" en términos del sistema operativo subyacente, por lo que parecía una buena idea.
Es un dolor los dos primeros días, pero luego empiezas a recuperar las cosas rápidamente y, para citar la película The Abyss: "el cuerpo recordará". ;)
Otra cosa que puede o no ser molesta, dependiendo de tu software, es que tendrás que volver a registrar algunas aplicaciones, pero tienes 1Password con todas tus licencias, ¿no es así? :)
Finalmente, no debe hacer esto sin tener una copia de seguridad (clon de inicio) de su unidad actual, SOLO EN CASO. A Time Machine está "bien", pero no solo confío en que, dado que el proceso de recuperación es mucho más lento que un simple arranque, la nueva unidad :) Por lo tanto, si tiene una unidad clonada, siempre puede volver a instalarla y verla por sí misma. no me gusta, clona tu disco de vuelta.
¡Buena suerte!
P.S .: Para responder directamente a tus inquietudes: no deberías tener muchos problemas con los permisos, nada que realmente no puedas "forzar", arreglar y preferencias ... bueno ... ¡todos hasta que comiences a copiar cosas de nuevo! :)