A partir de iOS9, Apple dejó de permitir que iTunes o cualquier otra aplicación realizara copias de seguridad de aplicaciones en archivos IPA. Cuando llega el momento de hacer una restauración, uno debe descargar todas las aplicaciones. Esto se puede hacer a iTunes o en el propio dispositivo iOS. El motivo es que en iOS9 las aplicaciones se "reducen" para que los datos que solo son necesarios para un iPad no desperdicien espacio de almacenamiento en un iPhone.
Las herramientas como iTools e iMazing y CopyTrans se utilizan para ofrecer la funcionalidad de hacer copias de seguridad de las aplicaciones en IPA, pero no han agregado soporte para iOS9.
Para preguntar, ¿cómo hacer una copia de seguridad de las aplicaciones en IPA para que puedan restaurarse sin descargarlas de nuevo?