También estoy teniendo este problema. He visto a algunos usuarios comentarlo en diferentes foros y en el Soporte de Apple. Nadie ha ofrecido una respuesta real, aparte de esto, parece ser un problema con la implementación de SMB de Apple o la forma en que el Finder interactúa y lee esos Volúmenes (o la forma en que se guardan / almacenan / leen los archivos de atributos).
El formato del volumen de los servidores realmente no importa y debe ser transparente para el cliente. Todo lo que Finder puede ver es un recurso compartido de SMB, ya sea que ese recurso se encuentre en un sistema de archivos ext3 o uno de NTFS es bastante irrelevante.
He probado la conexión al mismo volumen con AFP, SMB (que en Mavericks ahora usa SMB2 de forma predeterminada) y CIFS (lo que obliga a Finder a usar el protocolo SMB v1). Por lo que sé, la información de las etiquetas se almacena en archivos .DS_Store para cada carpeta.
Al conectarse con CIFS o SMB, el soporte de etiquetas está defectuoso. Las etiquetas a veces aparecen durante unos segundos y luego desaparecen. Además del archivo .DS_Store, se crea un archivo ._FILE_NAME para cada archivo. Obtener las propiedades del archivo a veces muestra la etiqueta.
La conexión con etiquetas AFP funciona como se espera. Solo se crea un archivo .DS_Store. Pero no hay información de etiqueta disponible si la etiqueta se asignó mientras se montaba como SMB.
Es una pena, porque SMB2 es más rápido que AFP en mis pruebas, pero sacrificar las etiquetas es demasiado malo.