No puedo decir con seguridad (para que alguien pueda corregirme si AFP (que supongo que se está utilizando) funciona de manera diferente), pero un problema común con las transferencias de red Windows de un dispositivo remoto a otro es que tirará del archivo A la computadora que usa para iniciar la transferencia, luego lo moverá al destino, que es mucho más lento que una transferencia directa.
Si Time Capsule tiene una función en su interfaz para transferir archivos a una unidad conectada (o se puede conectar a través de ssh para hacer lo mismo), probablemente será una mejor solución que iniciar la transferencia a través del Finder.