Después de una actualización de El Capitán (*) el audio reproducido a través de la pantalla Thunderbolt se distorsiona después de un tiempo. Esto es independientemente de la fuente de audio reproducida (Spotify, iTunes, soundcloud web).
Cambiar la salida a los altavoces internos y volver a la pantalla Thunderbolt resuelve el problema por un par de minutos antes de que se rompan, los silbidos comienzan de nuevo (con la música real audible en el fondo).
(* Era básicamente una instalación nueva, ya que la actualización falló inicialmente)