¿Hay alguna propiedad que obligue a una aplicación a iniciarse en pantalla completa si la admite?
Noté que en ~/Library/Saved Application State/com.mycompany.myapp.savedState/windows.plist hay una clave que guarda el estado de la ventana en algunas aplicaciones.
<array>
<dict>
<key>NSIsFullScreen</key>
<true/>
Algunas aplicaciones lo escriben mientras están abiertas pero no lo guardan y luego vuelven a comenzar, no en pantalla completa. Y el bloqueo de windows.plist registrará un error y la aplicación se iniciará en una ventana.