El artículo en el que ha visto las opciones no publicadas por diario (mencionado en su comentario) parece estar hablando de 10.6, por lo que creo que esta opción se ha eliminado desde entonces.
En mi experiencia, habilitar el diario no afecta la accesibilidad desde Linux o Windows:
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Si su disco externo está conectado a su Mac y esas otras plataformas están accediendo a sus datos a través de la red, el registro por diario no es visible para ellos.
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Si está conectando su disco duro externo directamente a una máquina con Linux o Windows, necesitarán algún software (probablemente adicional) para proporcionar acceso a la unidad de formato MacOS Extended (no nativa) ... y a diario ha existido desde hace bastante tiempo, así que esperaría que la mayoría del software lo implementara (disculpas por la mano aquí).
Estoy de acuerdo con la respuesta de @ MattDMo: Yo diría que use el Mac OS Extended (Journaled) predeterminado si usará la unidad solo con Mac, y MS-DOS (FAT ) de lo contrario (lo cual está bien para almacenar datos, aunque en realidad no son aplicaciones sin medidas especiales).