En cuanto a forma recomendada que está sujeta a una opinión.
En cuanto a hacerlo con las aplicaciones instaladas, esta es una forma de hacerlo. Esto requiere 2 aplicaciones. Si realmente necesitas un archivo MOV, así es como lo encontré. (Si MP4 es adecuado, omita el paso dos).
Paso uno
Utilizando Handbrake , convierta el archivo WMV a MP4.
Paso Dos
Utilizando MPEG Streamclip , convierta el MP4 resultante en MOV (el proceso puede llevar un tiempo considerable dependiendo del tamaño / duración de la película) NOTA: La última actualización del software fue en 2012. Por lo tanto, tenga en cuenta que puede o no funcionar bien en su sistema.
También hay otros convertidores gratuitos que pueden convertir MP4 a MOV. Pero este proceso de 2 pasos es lo que encontré efectivo.
Pruebas con una duración de archivo WMV de 2m: 18s:
WMV tamaño original: 7.2 MB
MP4 convertido tamaño: 9.7 MB
Tamaño resultante de MOV: 14.8 MB
EDITAR: Como lo señaló el usuario 3439894 en los comentarios, QuickTime Player convertirá MP4 a MOV. QuickTime Player ya está instalado en OS X.