El problema es que si ocultas (ALT-clic o CMD-H), ocultas todas las ventanas de esa aplicación. Probablemente no quieras hacer eso, solo para minimizar la ventana actual.
En OS X no tiene la Barra de título, con un elemento para cada ventana abierta (por ejemplo, 3 elementos diferentes para 3 ventanas de MS Word), sino un indicador para aplicaciones que tienen ventanas abiertas, pero nada indica cuántas ventanas están abiertas ... así que realmente no sabe dónde hacer clic en el Dock para minimizar qué ventana exacta (si hay más ventanas de la misma aplicación abiertas). Puede hacer clic con el botón derecho en la aplicación en el Dock, luego obtendrá la lista de ventanas abiertas, pero eso es para que las personas con mucho tiempo puedan dedicar tiempo a hacer clic. Para los practicantes de Zen :-)
Algunos comportamientos similares a Windows se pueden lograr con herramientas de terceros como HyperDock, pero no recuerdo que tuviera una forma de hacer clic en una ventana para minimizarla. Pero, francamente, lo probé por muy poco tiempo.