Tengo algunos videos en iPhone bajo la aplicación Videos, no la transmisión de videos de Photos.app.
He sincronizado con iTunes, he sincronizado los videos de sincronización, etc., y aún no se han eliminado, a pesar de que no están marcados en iTunes.
Los videos se compraron en el iPhone si eso marca la diferencia.
Tenga en cuenta: he visto esta pregunta que se relaciona con los archivos de video, pero son a través de la aplicación Fotos no de iTunes y la aplicación Videos.