En tu .bashrc (o donde sea que guardes los parámetros para tu shell), intenta agregar un alias que cambie el comportamiento de rm para mover cosas a ~ / .Trash, como en:
alias rm='move/to/.Trash'
Sin embargo, este alias está lejos de ser trivial para implementarlo (al menos para mí), porque el uso de mv (el candidato principal para este trabajo) es
mv file where
por lo tanto, tener un alias que coloque la parte 'donde' delante del archivo que se va a mover puede ser bastante incompleto. Lo investigaré y podré obtener consejos más sustanciales.
EDITAR: acabo de intentar agregar lo siguiente a mi .bashrc, y funciona:
function trash { mv "$@" ~/.Trash ; }
Es mucho más primitivo que otras sugerencias, pero evita instalar cosas nuevas.