Primero que nada, iOS 6 y Mountain Lion tienen la capacidad de combinar el número de teléfono y el ID de Apple para usar iMessage, pero parece que no lo has activado.
El hecho de separarlo proviene de versiones anteriores y también te ofrece un modo alternativo cuando no hay conexión a internet disponible. Si enviaba un iMessage a través de Apple ID y su compañero "al otro lado de la conversación" no tenía conexión, el mensaje no se enviaría. Al usar el número de teléfono, todavía tiene la capacidad de reenviarlo como SMS.
Ahora, si desea combinar su ID de Apple y su número de teléfono, abra las preferencias en su dispositivo iOS, vaya a la sección de mensajes, elija "enviar y recibir" y verifique su ID de Apple y el número de teléfono. También configura la aplicación para iniciar todas las conversaciones desde tu número de teléfono.
Ahora, haz lo mismo en tu Mac. Abra las preferencias en iMessage en la Mac, vaya a cuentas, elija su cuenta iMessage y verifique su número de teléfono y su ID de Apple. Configure la aplicación para iniciar nuevas conversaciones desde el número de teléfono.
Ahora, tus transmisiones deben combinarse de ahora en adelante (la conversación antigua se mantendrá separada).
Por supuesto, en caso de problemas de conexión, no es posible enviar un SMS desde Mac en iMessages.
A su pregunta sobre por qué tiene diferentes posibilidades de enviar el mensaje: Bueno, porque él / ella tiene diferentes posibilidades de contacto (y tecnologías: puede enviar SMS al número en lugar de un iMessage). Pero también tienen la capacidad de combinar su número e identificación, lo que también debería darles un solo flujo.