No estoy completamente seguro de seguir su razonamiento: tener "dos ID de Apple registradas a la vez" no resuelve el problema de las compras que se producen en el contexto de una ID de Apple. No hay manera de comprar una aplicación con Dos identificaciones diferentes sin que se carguen ambas cuentas. (Por favor explique si no entiendo bien lo que está preguntando :))
Sin embargo, en múltiples dispositivos, puede usar un único ID de Apple para comprar y separar los ID de Apple para iCloud, si desea una fuente de compras pero fuentes de datos / copias de seguridad separadas en cada dispositivo.
Las configuraciones son distintas: en iOS, seleccionas el ID de Apple usado con la tienda iTunes Store a través de Configuraciones > Almacenar y para iCloud a través de Configuración > iCloud.
Entonces, por ejemplo, puedes usar tu cuenta para la Tienda y hacer las compras en cada uno de tus dispositivos.
Dicho esto, no hay una manera fácil de usar cuentas separadas con iCloud en un dispositivo, ya que configurar el dispositivo para que use la Cuenta n. ° 2 eliminará los datos de la Cuenta n. comparta un solo dispositivo iOS a menos que no le importe separar sus contactos, Photo Stream, etc.